El club Fortuna siempre ha tenido vocación atlética. Ya desde 1916 tuvo su papel en la creación de la Federación Atlética Guipuzcoana junto con otros clubes Además de la prueba Behobia-San Sebastián ha organizado a lo largo de la historia muchas otras pruebas atléticas. Sin embargo, hace más algo más de una década desapareció la sección de atletismo.

Dentro del ámbito de la Behobia, el C.D Fortuna puso en marcha el proyecto Heuk Proba Ezan con el objetivo de fomentar el deporte de participación entre las mujeres y la intención de facilitar su acceso al running a través de entrenamientos guiados completamente gratuitos.

Estos entrenamientos resultaron un éxito por eso desde 2012 pensamos en reabrir la Sección de Atletismo en el Club Deportivo Fortuna. Con esta sección queremos dar cabida las corredoras populares que quieran dar un paso más. Queremos dar la opción de que estas personas hagan deporte con garantías, asesorándolas y ofreciéndoles los servicios que un club como el nuestro puede ofrecer.